Después de volver de un par de presentaciones en la ciudad de Chicago a inicios de febrero de 2020, tras anunciarse oficialmente el período de pandemia en marzo de ese mismo año, al igual que el resto del mundo, Agustín y sus compañeros de los solitarios cancelarían sus planes futuros teniendo que limitarse a componer y continuar con cualquier proyecto musical en casa.
De tal forma, intentando adaptarse al confinamiento, Agustín además del tema pandemia pasaba por una disputa familiar al lado de su esposa Rosa María Ruiz, debido a que ésta habría heredado la casa de sus padres, pero sus hermanos, en contra de esta decisión e incumplimiento con la ley, comenzarían a hacer vida dentro de esta propiedad ubicada en la colonia alemán en la ciudad de Tijuana, misma que había usado durante años Agustín para los ensayos de la agrupación, por lo que la sentía como su propio hogar.
No obstante, en vista de que Roberto Ruiz, su cuñado, habitaba la propiedad sin ningún derecho, Agustín una tarde que invitó a almorzar a su esposa, a pesar de las restricciones por la pandemia, se detendría en dicha propiedad. Pero se encontraría justo al poner un pie dentro del garaje de esta, con Roberto Ruiz, acompañado por su hijastro, Luis Ernesto Castillo y su sobrino Raúl Ruiz, quienes comenzarían a empujarlo cerrando la reja que Agustín había abierto para ingresar.
Detrás de él se encontraba su esposa, y entre empujones sería ella la primera en caer al suelo, mientras que Raúl y Eduardo golpeaban a Agustín y lo amenazaban con acabar con su vida si se atrevía a regresar. Agustín también caería al suelo varias veces, y se levantaría, intentando devolver los golpes, pero sus rivales eran mucho más jóvenes y en una de sus caídas se golpeó contra la reja, lo que dejaría una enorme herida en su frente que no dejaba de sangrar. Ante esto, terminó escapando de sus agresores con su esposa y se fueron
directamente al Ministerio Público a poner la denuncia por violencia intrafamiliar, mostrando las cortadas y los hematomas que acababan de causarles. Se unirían a ellos su hijo Alí Villegas, quien los acompañaría de regreso a casa. Pero lo que parecía acabar con la denuncia, a espera de que las autoridades hicieran su parte, empeoraría con el paso de las horas cuando Agustín comenzaría a ponerse ronco, y su cuello se veía cada vez más inflamado. El cantante no solo tendría problemas para hablar, sino que incluso
botaba saliva y se quejaba del dolor, por lo que en horas de la noche lo trasladarían al hospital más cercano. Le serían recetadas unas aspirinas y lo dejaron volver a casa, pero incluso ingerir este o cualquier otro medicamento le era difícil. Así como tampoco encontraría la manera de acostarse teniendo que dormir sentado.
No obstante, a la mañana del siguiente día su situación era aún peor. Se quedaba sin respiración y nuevamente fue trasladado al hospital. Al llegar los médicos indicarían que tenía las vías respiratorias obstruidas, por lo que inmediatamente le sería practicada una traqueotomía, la cual si bien fue exitosa, logrando que pudiese respirar por sí solo, su estado de salud continuaba siendo delicado.

Pero debido a la crisis sanitaria que comenzaban a sufrir los centros médicos debido a la pandemia, el cantante sería dado de alta tres días después. Y a pesar de que sus médicos aseguraron que podría recuperarse en casa, pasada apenas cuatro horas, Agustín sufrió una embolia, teniendo sus familiares que regresar con él a urgencias para alivio de todos, tras controlar su padecimiento, recobró fuerzas y nuevamente por consejo médico sería dado de alta.
Ya en casa, pasaría las siguientes semanas mostrando una mejoría considerable e incluso él mismo pidió que le celebraran su cumpleaños el 11 de abril, pero a los pocos días de esta reunión familiar volvería a tener una embolia, un padecimiento que continuaría sufriendo los días siguientes, yendo y viniendo de urgencias constantemente.
A raíz de esto le realizarían una resonancia magnética que indicaría que estaba experimentando ataques cerebrales, originados por los golpes que recibió en la cabeza. Por tanto, le recetaron una serie de medicamentos, incluyendo una inyección que debían suministrarle diariamente. Pero tras semanas de gastos médicos, esta vez sus familiares más cercanos tuvieron que pedir préstamos y recaudar dinero.
Mientras Agustín parecía de caer en ánimo, cada vez hablaba menos, le costaba comer y hasta caminar, no era capaz de sostenerse por sí mismo. En vista de esto, entre algunos de sus hijos y sus sobrinos, lo cuidarían ayudándolo a bañarse y vistiéndolo. Sin embargo, los medicamentos le descompusieron y presentó un cuadro de deshidratación. Una vez más llamarían a una ambulancia, pero a su llegada los paramédicos indicaron que el cantante presentaba indicios de neumonía, por lo que fue tratado como un posible paciente de COVID-19, lo que complicaba aún más su situación, pues bajo esta sospecha ninguno de los hospitales cercanos podría recibirlo.
A través de un préstamo de dinero, su familia logró pagar una clínica privada hasta horas más tarde. mientras su estado era cada vez peor. Daría negativo para COVID, pero igualmente su condición exigía que contara con un tanque de oxígeno, el cual sus familiares estuvieron buscando durante días, pues requerían permisos para poder tenerlo en casa.
Y es que aunque su mejoría era imperceptible, los médicos le dieron de alta y lo entregarían a sus familiares en camilla, pues no podían tenerlo más tiempo en la clínica o podría contagiarse. Para entonces ya se encontraba extremadamente flaco, y a pesar de los esfuerzos de sus hijos, quienes terminarían comunicándose con él por medio de gestos y señas con las manos, Agustín Villegas fallecería el 6 de mayo de 2020, a sus 79 años, después de sufrir otra embolia, a falta de médicos y ambulancias que respondieran al llamado de su hijo Ali, quien se encontraba con él. Así terminaría su sufrimiento, pero tristemente,
su familia continuó viviendo una pesadilla a raíz de su partida. Y es que a pesar de que Daniel López, compañero de Agustín en Los Solitarios, donaría a la familia mil dólares para cubrir algunos de los gastos funerarios, así como también la sociedad de autores y compositores, se comprometió a reembolsar parte de estos.
Igualmente, entre familiares, habría acusaciones de posible robo a Agustín cuando éste se encontraba en sus últimos días. En su propio funeral se enfrentarían a Libby Llegas y algunos de sus primos, pues hasta lo acusarían de haber envenenado a su propio padre, junto con su esposa, suministrándole dosis incorrectas de medicamentos.
Hasta el último minuto de la ceremonia, desde la funeraria hasta el cementerio, la disputa continuaría. Y es que en la ceremonia de sepultura en la que solo podrían participar 15 personas, acudirían muchas más a través de sobornos a los encargados del panteón. Tristemente, al término de la misma, sus familiares más cercanos se encontraron con los arreglos florales que debían ingresar al cementerio tirados en la entrada del mismo, presuntamente por otros familiares como símbolo de molestia.
Hasta el día de hoy, la disputa familiar continúa y tanto su hijo Ali como otros familiares, incluida su viuda, harían la denuncia pública con respecto a las amenazas que han recibido por parte de uno de los hijos del cantante, producto de otro matrimonio, quien acusa a sus hermanos de haberse aprovechado del dinero del cantante y hacerlo sufrir.
De cualquier forma, más allá de la controversia, el legado de quien fue vocalista de Los Solitarios se mantiene a través de su música, y es por esto que hace falta conocer parte de lo que fue su trayectoria en la industria y cómo su éxito contribuye hasta la actualidad con la cultura popular mexicana. Nacido un 11 de abril en la Ciudad de México, Juan Agustín Villegas sería el tercero de 11 hijos del matrimonio de Luis Villegas y Trinidad Gómez, un seno familiar en el que disfrutaban mucho escuchar música tradicional, por lo que él crecería cantando, participando en festivales